La serie se dividirá en dos temporadas. La primera temporada se estrenará en Abril, llegando la segunda en Octubre. El anime adaptará los tomos 6 a 10 de la obra, cubriendo así todo hasta su final.
El equipo de la serie se mantendrá desde la primera temporada, siendo Hiroshi Nahagama responsable de la dirección y los guiones bajo el estudio de animación Artland. Los diseños de personajes serán de Yoshihiko Umakoshi, que también será responsable de la dirección de animación. La dirección artística será de Yoshihisa Oyama, siendo Yuuta Nakamura el director de fotografía. La música correrá a cargo de Toshio Masuda, y la dirección de sonido será responsabilidad de Kazuya Tanaka.
En el reparto volverán a estar Yuuto Nakano como Ginko y Mika Doi como la voz narradora de la serie.
Horario de emisión de Mushishi: Zoku-sho:
Tokyo MX TV: Viernes 04 de Abril a las 24:00 (Sábado 05 a las 00:00).
TV Gunma: Viernes 04 de Abril a las 24:00 (Sábado 05 a las 00:00).
Tochigi TV: Viernes 04 de Abril a las 24:30. (Sábado 05 a las 00:30).
Asahi Broadcasting Corporation (ABC): Miércoles 09 de Abril a las 02:15.
BS11: Viernes 04 de Abril a las 24:00 (Sábado 05 a las 00:00).